1) Facilitar la integración interinstitucional e intersectorial para la prevención control del VIH-SIDA e ITS en el Estado.

2) Disminuir la incidencia del VIH-SIDA e ITS a través de la creación y fortalecimiento de estrategias de prevención.

3) Brindar servicios integrales y de calidad a los usuarios del programa de VIH/SIDA e ITS, mediante equipos de trabajo eficazmente coordinados y actualizados.

4) Disminuir el impacto social y económico del VIH-SIDA e ITS, a través de promover y coordinar las acciones intersectoriales que propicien una cultura de equidad y respeto a los Derechos Humanos de las PVVS.

5) Fortalecer programas de COMUSIDA enfocados a la prevención y atención del VIH-SIDA y las ITS, en poblaciones semi rurales, rurales y con características de migración y pobreza.

6) Impulsar proyectos de investigación que permitan actualizar y reorientar las acciones del Programa Estatal de VIH/SIDA/ITS.

7) Impulsar la coordinación de programas y acciones entre el OPD Servicios de Salud Jalisco, COMUSIDAS y COESIDA, con el fin de alcanzar las metas y compromisos del Programa Estatal VIH/SIDA e ITS 2004.

8) Reforzar las acciones encaminadas a mejorar la calidad de la información epidemiológica del VIH/SIDA e ITS en Jalisco.

9) Procurar una Administración eficiente, eficaz y transparente, con apego a las normas y procedimientos vigentes, a través de un marco legal de certidumbre y seguridad jurídica

10) Fortalecer y apegarse al marco legal, para un correcto funcionamiento y optimización de los recursos del COESIDA y COMUSIDAS