El Consejo Estatal para la Prevención del VIH - sida en Jalisco, fue creado por acuerdo del Gobierno Estatal en febrero de 1988, en 1995 se reestructuro, conformándose tres coordinaciones: de Subconsejos, del Programa de Descentralización y Administrativa.

Actualmente de la Coordinación de Subconsejos se desprenden los subconsejos, encaminados a abordar las diferentes áreas del trabajo prioritario en VIH en el estado: Atención Integral – donde están incluidos Investigación, Binomio TB/VIH, Consejería, Clínica de ITS, Programa Enlace de SSJ, y Área Medica -, Prevención y Derechos Humanos; de la Coordinación del Programa de Descentralización dependen 3 áreas: Tutoría, Evaluación y Diagnostico, Promoción y Difusión que se encargan del trabajo a nivel municipal con los COMUSIDAS. De la Coordinación Administrativa encarga de la correcta aplicación de los recursos humanos, materiales y financieros dependen las áreas de asistente administrativo, transporte y servicios generales.

También encontramos los departamentos de Comunicación Social y Asuntos Jurídicos los cuales dependen directamente del Secretario Técnico del COESIDA.